Почетните места на транскрипција, или TSS, се деловите од генот каде што започнува создавањето РНК-копија од ДНК. Кај човечките протеин-кодирачки гени, околу овие места се јавува мутациски врв, а нивниот состав е богат со G и C. Студијата анализирала геномски варијанти и новонастанати мутации кај луѓе, а потоа користела еволутивно моделирање. Затоа, резултатите опишуваат геномски обрасци и модели, а не набљудување на еволуцијата во реално време.
Истражувачите ја процениле мутациската стапка со резолуција од еден нуклеотид, основната градбена единица на ДНК и РНК, користејќи ретки варијанти од 71.702 лица. TSS-ите ги мапирале со податоци од човечки тестиси, бидејќи мутациите во герминативните клетки можат да се пренесат меѓу генерациите. Врвот се појавил и кај варијантите во популацијата и кај новонастанатите мутации во семејства. Кај гените што не биле изразени во тестисите, проценката не го покажала истиот врв.
Најголемиот врв бил 25 нуклеотиди по TSS, а помал врв се појавил околу 110 нуклеотиди пред него. Авторите разгледале и пристрасна генска конверзија, или gBGC: при овој процес, несовпаѓањата во ДНК за време на мејотичката рекомбинација се разрешуваат во корист на G и C наместо A и T. Така може да се зголеми преносот на G/C варијанти. Анализата проценила ниско ниво на позадинска gBGC, но не нашла докази за TSS-поврзани епизоди во последните приближно 500.000 години кај современите луѓе.
Во моделот биле симулирани 2.000 гени. Резултатите сугерираат дека локалните мутациски пристрасности и gBGC придонеле за составот околу TSS, каде што е забележана висока GC-содржина. Ова нуди објаснување за еволутивен образец без да тврди дека тој настанал поради приспособување. Сепак, проценката на мутациите зависи од претпоставката дека ретките варијанти не биле под значителен селективен притисок, а заклучоците за древната gBGC се добиени од споредби и симулации: самите настани не биле директно набљудувани.
Погледнете го објаснувањето
Научна основа и ограничувања
Анализа на човечки геномски варијанти и новонастанати мутации, споредба на нуклеотиден состав и еволутивно моделирање.
Испитуван модел: Homo sapiens.
Примерок: 71.702 лица во gnomAD; приближно 1,08 × 10⁶ новонастанати мутации; 2.000 симулирани гени..
- Метриката M е приближна процена на мутациската стапка и зависи од претпоставката дека ретките SNP-варијанти во анализираните региони не биле под значителен селективен притисок.
- Врвот кај новонастанатите мутации од родителско-потомските триа бил помал од сигналот измерен со метриката M; големината на сигналот се разликувала меѓу анализите.
- Процената на позадинската gBGC претпоставува постојана ефективна големина на популацијата, отсуство на прочистувачка селекција врз анализираните варијанти и стабилни мутациски обрасци низ фреквенциските групи.
- Заклучоците за древната TSS-асоцирана gBGC се изведени од споредби и симулации; настаните не биле директно набљудувани.
- Резултатите се однесуваат на човечки геномски варијанти и новонастанати мутации, а симулациските гени се модел, не набљудувани поединци.
