Многу протеини во митохондриите, клеточни органели важни за метаболизмот, сè уште немаат позната функција. Една причина е што функцијата може да се насети според тоа со кои други протеини заемодејствува некој протеин. Истражувачите го искористиле AlphaFold-Multimer, компјутерски модел за предвидување структури на протеински комплекси, за да класифицираат можни интеракции. Потоа дел од предвидувањата ги провериле експериментално во квасец и човечки клетки. [c1, c2, c3, c6]
Во анализата биле вклучени 1.123 човечки митохондриски протеини. Моделот разгледал 630.003 парови и понудил збирка од 2.895 познати и новопредвидени интеракции. Меѓу нив биле партнери за 85 претходно некарактеризирани протеини, што истражувачите ги поврзало со познати биохемиски патеки. За методот била пријавена прецизност од 85%, а предвидувањата биле проверувани во лабораторија. [c4, c5, c6, c7]
Што откриле за COA4?
Еден пример е COA4, протеин чија функција била нецелосно позната. Експериментите ја потврдиле неговата интеракција со COX11, протеин поврзан со доставувањето бакар до цитохром c оксидазата. Во клетки без COA4 биле забележани помалку бакар во митохондриите и намалено клеточно дишење. Овие наоди го поврзуваат COA4 со патеката на бакарот, но не ги докажуваат сите чекори или целосната биолошка улога на протеинот. [c8, c9]
Што сè уште не кажува моделот?
Предвидената интеракција не покажува колку силно се врзуваат протеините, под кои услови се случува тоа или каков е составот и бројниот однос на компонентите во комплексот. Некои парови можеби заемодејствуваат само како дел од поголем комплекс. Затоа моделот е корисен за избор на хипотези за понатамошни експерименти, но сам не ја утврдува биологијата. Студијата не била клиничко испитување кај луѓе; резултатите од клетки не докажуваат достапност на дијагнози или терапии. [c6, c10]
Научна основа и ограничувања
Компјутерско предвидување на протеински интеракции со експериментална проверка во квасец и човечки клетки
Испитуван модел: Човек, квасец и 11 други еукариотски организми за споредба на зачуваноста на интеракциите.
Примерок: 1.123 протеини; 630.003 парови протеини; лабораториските биолошки репликати варираат според експериментот.
- Предвидувањата се почетна основа за хипотези и експерименти; сами по себе не ја утврдуваат целосната биолошка улога на протеините.
- Моделот не ги одредува афинитетот на врзување, условите во клетката, стехиометријата или составот на комплексот.
- Описаните потврдни експерименти опфаќаат квасец и човечки клетки; резултатите не се клинички испитувања кај луѓе и не докажуваат дека се достапни дијагнози или терапии.
Извори
За љубопитноста што нè поврзува.
Вашата донација помага науката да стигне до повеќе читатели.
Ви благодариме што ја поддржувате науката на македонски.
