Нов софтвер наречен nanoMDBG може значително да ја прошири примената на напредната метагеномика, особено во лаборатории со ограничени ресурси. Алатката е развиена од истражувачи од Earlham Institute и Institut Pasteur и е претставена во списанието Nature Communications.
Метагеномиката анализира ДНК директно од примероци како почва, телесни течности или клинички брисеви, за да се реконструираат геномите на многубројни микроорганизми во една заедница. Тоа им овозможува на научниците да следат како се менува микробниот состав со време, но и да детектираат потенцијално опасни патогени, на пример во болничка средина.
До скоро, долгите читања од Oxford Nanopore беа поевтини и попреносливи, но и со поголема стапка на грешка, што ја ограничуваше нивната употреба за сложени метагеномски склопувања. Со новите хемиски подобрувања, точноста на Nanopore податоците е значително зголемена, што овозможило тимот да ја адаптира претходната алатка metaMDBG во нова верзија оптимизирана за овие податоци.
Според резултатите од студијата, nanoMDBG покажува повисока точност од водечките склопувачи за Nanopore и дава резултати споредливи со PacBio-платформите, кои традиционално се сметаат за попрецизни, но и поскапи. Дополнително, новата алатка е поефикасна во користење меморија и е скалабилна за многу големи сетови на податоци, вклучително и сложени почвени примероци.
Практичната добивка е голема: анализи што претходно бараа сериозна инфраструктура, сега можат да се извршат и на поскромен хардвер, дури и на лаптоп за одредени типови примероци. Тоа ја намалува бариерата за влез во полето и може да помогне повеќе истражувачки тимови да работат на еколошки, медицински и агро-биолошки прашања.
Еден од важните потенцијали е подобро разбирање на микробите во почвата што учествуваат во емисиите на стакленички гасови, како азотен оксид. Бидејќи многу од овие микроорганизми не можат лесно да се одгледуваат во лабораторија, метагеномиката останува клучна патека за нивно идентификување и функционално толкување.
